可是在实际发展中，佥妻制度不仅没有真正解决军户的逃亡问题，反而激化社会矛盾。
佥妻制度，实际上是一种人身自由的束缚，在边防苦寒之地，戍边士兵多有逃逸者，大都因不能忍受之疾苦、思乡心切、没有家庭的温暖。为了防止这些士兵逃亡，于是统治阶层，想出了佥妻的办法，不但给卫所士兵分房子分地，还给他们分配妻子，并且允许他们生儿育女，只是子孙后代都是军户籍。
佥妻的制度，在明初只是付诸实行了，但是没有硬性的规定。在明朝正统皇帝时期，佥妻的制度，在法律中有文书固定，成为一种常见的条文性规定，标志着佥妻制度是受法律约束的行为，从此以后，如果一家人赶赴戍边之地，即使卫所士兵死亡，她的妻子也必须独身赶到戍边之地，完成家庭任务。
明代的卫所军户，有些人在家乡成婚之后，被征调到苦寒之地戍边，基本上再无回到家乡的可能。为了不让子孙后代在边地受苦，方便自己将来逃逸，常常雇佣一个妻子陪同戍边，在那个婚姻法不健全的年代，假结婚成为一些军户的手段，这些女子多是青楼女子。
在明宪宗成化时期，鉴于国家对佥妻制度的严格执行，地方上产生了雇佣妻子前往戍边的现象，买卖妇女的现象比较严重，使得佥妻在实际的实行过程中，出现了不少的弊端。
军户以及佥妻从原籍赴边，路上的一切花费，全部都是国家来负责。到了边地买房置田地，也是一笔不小的花费。国家稳定且经济富庶时还能维持，但是，随着时代的变迁，政治**，土地兼并严重，佥妻制度也随之走向没落。
佥妻制度的产生，实际是由国家财政来负担的辅助政策，在生产力相对比较低下的明朝，这其实是一种非常巨大的财政负担，随着国家经济的崩坏，使得佥妻受到影响。
土地兼并严重，也令卫所制度没落。
失去了维持生计的土地，很多军户就开始逃亡，使得卫所制度走向消亡的边缘。
逃亡的士兵和佥妻之间，实际并没有感情的基础，结婚之前就没有见过面，很多都是随机分配的，在卫所制度出现崩坏以后，佥妻制度也随之逐渐瓦解，这些被遗弃的佥妻，最后的宿命，很多就是受冻挨饿致死。